Plateforme RNomique de l’Université de Sherbrooke (animal/humain – Tarifs préférentiels CMDO)
Nom de l’entité
Plateforme RNomique de l’Université de Sherbrooke (animal/humain - Tarifs préférentiels CMDO)
Type d’entité
Plateforme de services
Mots clés
PCR, qRT-PCR, Digital PCR, Séquençage nouvelle génération (Illumina Miseq et Nextseq 500), ARN, expression génique, épissage alternatif, bioinformatique, génomique [PCR, RNA, gene expression, absolute quantification, alternative splicing, bioinformatics, genomics]
Domaines d’expertises
La plateforme RNomique de l’Université de Sherbrooke offre un large éventail de services PCR (qPCR, ASPCR, ddPCR), de séquençage nouvelle génération et bioinformatiques pour toute la communauté de recherche. Nous avons développé une plateforme automatisée d’expérimentation par PCR à grande échelle. Les principales applications sont l’étude comparative de l’expression de gènes par PCR quantitatif avec SYBR green et sondes fluorescentes doubles (qPCR), l’annotation de l’épissage alternatif par PCR en point final couplé à une électrophorèse par microcapillaire (ASPCR), le PCR digital (ddPCR) pour la quantification absolue et l’expression génique et finalement, le séquençage nouvelle génération (et la création de librairies) sur deux plateformes Illumina (Miseq et Nextseq 500). Le design, l’exécution et l’analyse de quelques milliers de réactions qPCR et ASPCR sont réalisés sur une base quotidienne. Nous offrons les services complémentaires d’isolation et de contrôle de la qualité de l’ARN et de l’ADN provenant de cultures cellulaires et de tissus, ainsi qu’un support étendu en bioinformatique pour le design d’expériences et l’analyse de donnée. Les clients peuvent accéder à leurs données et résultats expérimentaux via une application web sécuritaire contenant plusieurs modules informatiques qui optimisent l’analyse et la présentation des données. Le personnel de la plateforme met son expertise directement à la disposition du client à toute étape du projet. La plateforme est en constante évolution au niveau du développement d’essais PCR et de protocoles bioinformatiques, toujours dans le but de satisfaire les besoins de l’ensemble de ses clients.
Services offerts
- Isolation de l’ARN et de l’ADN provenant de cultures cellulaires et de tissus.
- Intégrité de l’ARN (Agilent Bioanalyser), quantification et transcription inverse.
- Service complet de séquençage nouvelle génération de la préparation des librairies à l’analyse des données sur les plateformes Illumina MiSeq et NextSeq 500.
- Digital droplet PCR (ddPCR) sur la plateforme Bio-Rad QX200
- PCR quantitatif (qPCR) sur les plateformes Bio-Rad CFX 384 et 96 puits.
- PCR en point final avec détection par électrophorèse microcapillaire.
- Détection de micro-organisme pathogène pour les animaleries.
- Développement bioinformatique.
- Système de design d’amorces PCR.
- Analyse statistique.
Responsable
Mathieu Durand, Elvy Lapointe et Samuel Rouleau
mathieu.durand@sherbrooke.ca
819-821-8000 ext. 70455
https://rnomics.med.usherbrooke.ca/fr/welcome
Adresse
NOM DES RESPONSABLES :
Mathieu Durand mathieu.durand@usherbrooke.ca
Elvy Lapointe elvy.lapointe@usherbrooke.ca
Philippe Thibault Philippe.Thibault2@USherbrooke.ca
Plateforme RNomique
PRAC, Z8-3036
Faculté de médecine et des sciences de la santé
Université de Sherbrooke
3201 rue Jean-Migneault
Sherbrooke, Québec
J1E 4K8